Ugotovljene bilančne razlike se med nosilce bilančnih skupin razdeli sorazmerno s prevzetimi količinami zemeljskega plina od posamezne bilančne skupine v mesecu, za katerega se bilančne razlike obračuna.
Bilančne razlike se lahko pojavijo kot presežek količin zemeljskega plina v prenosnem omrežju (pozitivne bilančne razlike) ali kot primanjkljaj količin zemeljskega plina v prenosnem omrežju (negativne bilančne razlike). V primeru, da se bilančne razlike pojavijo kot presežek v prenosnem omrežju, sistemski operater le-te odkupi od nosilcev bilančnih skupin skladno s prvim odstavkom tega člena. V takšnem primeru predstavljajo bilančne razlike strošek sistemskega operaterja. Sistemski operater do 15. v naslednjem mesecu od meseca na katerega se presežek zemeljskega plina v prenosnem omrežju iz naslova bilančnih razlik nanaša, posreduje obvestilo o bilančnih razlikah in poenostavljen trošarinski dokument. Nosilci bilančnih skupin so dolžni sistemskemu operaterju izstaviti račun za bilančne razlike nemudoma po prejemu obvestila o bilančnih razlikah in poenostavljenega trošarinskega dokumenta, najkasneje v roku 20 dni po zaključku meseca, na katerega se presežek zemeljskega plina v prenosnem omrežju iz naslova bilančnih razlik nanaša. V primeru, da nosilci bilančnih skupin računa za bilančne razlike ne izstavijo, se presežek zemeljskega plina v prenosnem omrežju iz naslova bilančnih razlik razume kot podarjen sistemskemu operaterju.
V primeru, da se bilančne razlike pojavijo kot primanjkljaj v prenosnem omrežju, sistemski operater le-te proda nosilcem bilančnih skupin, skladno s prvim odstavkom tega člena, kar pa predstavlja prihodek sistemskega operaterja.
Za obračun bilančnih razlik se uporablja osnovna cena zemeljskega plina (C(B)), določena v Pravilih za delovanje izravnalnega trga z zemeljskim plinom, obračun pa se izvaja enkrat mesečno za prejšnji mesec.