Vsako novo sprejeto žival je potrebno namestiti v izolatorij tako, da ne more priti v stik z drugimi živalmi. Do izolatorija ima dostop samo osebje zavetišča in doktor veterinarske medicine, ki opravlja dejavnost zdravstvenega varstva živali v zavetišču (v nadaljnjem besedilu: veterinar).
Pred namestitvijo nove živali mora biti izolatorij razkužen.
Vsako sprejeto žival mora pregledati veterinar najkasneje v 24 urah po namestitvi. Živalim je treba odstraniti notranje in zunanje zajedavce in jih preventivno vakcinirati proti kužnim boleznim.
Osebje zavetišča mora v izolatoriju najmanj dvakrat dnevno preveriti splošno stanje in počutje živali ter o tem voditi evidenčni list, kamor vpiše svoja opažanja in po potrebi obvestiti veterinarja. Vse ugotovljene nepravilnosti (neješčnost, neredno iztrebljanje, apatičnost, agresivnost) mora vpisati v kartoteko živali in po potrebi obvestiti veterinarja.
Namestitev v izolatoriju traja za pse praviloma 10 dni, za mačke pa praviloma 14 dni.