Organ agencije je direktor.
Poleg nalog, ki so določene z zakonom in ustanovitvenim aktom, direktor izvaja še naslednje naloge:
-
organizira in vodi delovanje agencije,
-
zastopa in predstavlja agencijo,
-
izdaja mnenja in soglasja, ki se nanašajo na delovno področje agencije,
-
izdaja in odvzema licence,
-
organizira izvajanje nadzora nad delovanjem trga z električno energijo in zemeljskim plinom,
-
imenuje občasna in stalna delovna telesa,
-
skrbi za zakonitost poslovanja,
-
v okviru finančnega načrta odloča o investicijskem vzdrževanju in nabavah oziroma prodaji osnovnih sredstev,
-
odloča o zaposlitvi delavcev in razporejanju delavcev na določena delovna mesta agencije in izreka disciplinske ukrepe,
-
sprejme akt o notranji organizaciji in sistemizaciji,
-
odloča o drugih zadevah, ki so po zakonu in ustanovitvenem aktu v njegovi pristojnosti.