Arhiv upravlja z vsem premoženjem, s premičnim premoženjem in z nepremičninami. S premičnim premoženjem upravlja arhiv samostojno, z nepremičninami pa samo po predhodnem soglasju Republike Slovenije.
Arhiv upravlja z nepremičnino, parc. št. 382/3 – dvorišče v izmeri 42 m2 in stavbišče v izmeri 3 a 79 m2 s stavbo ter parc. št. 382/4 – dvorišče v izmeri 10 a 97 m2 in stavbišče v izmeri 3 a 93 m2 s stavbo, obe vpisani v vl. št. 1048, k.o. Koper, ki je last Republike Slovenije.