Z ustanovitvijo univerze postanejo zavodi Fakulteta za humanistične študije Koper, Koper, Glagoljaška 8, Turistica – Visoka šola za turizem Portorož, Portorož, Obala 29, Visoka šola za management Koper, Koper, Cankarjeva 5, Visoka strokovna šola za zdravstvo Izola, Izola, Polje 35/A, Znanstveno-raziskovalno središče Koper, Koper, Garibaldijeva 18 in Primorski inštitut za naravoslovne in tehnične vede Koper, Koper, C. Marežganskega upora 2, njene članice s spojitvijo. Univerza postane njihov pravni naslednik in prevzame vse njihovo premoženje ter pravice in obveznosti.
Z dnem prevzema delavcev in študentov zavodov iz prejšnjega odstavka zavodi prenehajo obstajati in njihovi ustanovitveni akti prenehajo veljati: akt o ustanovitvi Fakultete za humanistične študije Koper kot samostojnega visokošolskega zavoda, akt o ustanovitvi samostojnega visokošolskega zavoda Visoka šola za management v Kopru, akt o ustanovitvi Turistice – Visoke šole za turizem, akt o ustanovitvi Visoke šole za zdravstvo Izola kot samostojnega visokošolskega zavoda, sklep o ustanovitvi javnega raziskovalnega zavoda Znanstveno-raziskovalno središče Republike Slovenije, Koper (Uradni list RS, št. 76/94 in 112/2002) in sklep o ustanovitvi javnega raziskovalnega zavoda Primorski inštitut za naravoslovne in tehnične vede (Uradni list RS, št. 65/99 in 71/2002). Vršilec dolžnosti direktorja univerze začne postopek za njihov izbris iz sodnega registra na podlagi četrte alinee 54. člena zakona o zavodih (Uradni list RS, št. 12/91, 8/96 in 36/2000 – ZPDZC) in tega odloka.