Hitra cesta poteka po zavarovanem Krajinskem parku, južni in zahodni obronki Nanosa (do profila 535) ter prečka območje Mlak, ki je predvideno za zavarovanje kot naravni spomenik.
Celotni odsek trase hitre ceste in območje vojaškega poligona Mlake je potrebno pred gradnjo fotodokumentirati v skladu z navodili službe za varstvo naravne dediščine.
Na območju trase v krajinskem parku je potrebno predhodno opraviti:
V fazi zemeljskih del je potreben občasen geološki (paleontološki, strukturni, mineraloški, idr.) in krasoslovni nadzor na celotnem območju trase hitre ceste, vključno s priključki, deviacijami in deponijami. Nadzor izvajata strokovna geološka in krasoslovna služba. V primeru pomembnejših najdb geološke ali krasoslovne dediščine, mora izvajalec nadzora obvestiti strokovno organizacijo (Upravo RS za varstvo narave ali Zavod za varstvo naravne in kulturne dediščine Gorica), ki poda strokovne smernice glede ohranjanja dediščine oziroma nadaljnjega ukrepanja. Dokumentacijo, ki nastane ob nadzoru, je potrebno posredovati Upravi RS za varstvo narave.
Vse naravno ohranjene vodotoke je treba med gradnjo varovati, regulirane pa na vplivnem območju posegov obsaditi z obvodno vegetacijo ter tako omogočiti ponovno vzpostavitev obvodnih biotopov.
Preveri se natančna lokacija črnega topola ob reki Vipavi (botanično naravna znamenitost - predlog) in prouči možnost za njegovo ohranitev. Če to ni možno, je treba narediti popolno analizo lokacije (rastiščni pogoji, dendrokronološka analiza, fotodokumentacija) in prezentacijo debla. Dolgoročno se predvidi namensko ohranjanje morebitnega podobnega primerka v širšem območju oziroma nadomestna zasaditev.
V območju Mlak se v največji možni meri ohranja današnje stanje. Nasipavanja in odstranjevanje vegetacije ni dovoljeno, razen če to ni nujno potrebno. Izvedbeni projekti morajo biti pripravljeni v sodelovanje z naravovarstveno službo. Na območju krajinskega parka in območju Mlak je treba v fazi pripravljalnih in zemeljskih del zagotoviti stalen naravovarstveni nadzor.
Na delu trase hitre ceste od km 6.200 do km 10.100 so v ureditvenem območju lokacijskega načrta naslednja območja ohranjanja narave:
Vsem živalskim vrstam, ki jim bo z izgradnjo hitre ceste prekinjena migracijska pot, je zagotovljeno varno prehajanje preko hitre ceste. Živalskim vrstam, ki so vezane na širši prostor je prehajanje čez hitro cesto preprečeno z varnostno žično ograjo ob hitri cesti.
Za prehod divjadi služijo razširjen podvoz svetle višine 4,5 m in širine 12 m v profilu 56, viadukti, pokriti vkopi in območja nad predori. Prehodom živali služijo tudi deviacije gozdnih in poljskih poti ter mostovi čez Gacko, Belo in Vipavo. Za prehajanje dvoživk, plazilcev in malih živali služijo tudi posamezni prepusti in mostovi preko manjših vodotokov. Pod mostovi je ob strugi tudi 2-4 m širok pas kopne površine. Predeli pod mostovi se uredijo v prostor, ki je živalim prijeten (varovalni vegetacijski pasovi do vstopa pod most, preprečevanje druge oblike rabe prostora). Pred zgoraj naštetimi prehodi je ustrezno prirejena varovalna ograja hitre ceste, ki služi tudi kot usmerjevalna ograja.
Zaščito ptic pri preletu predvidene protivetrne zaščite in pasovi vegetacije za zaščito kmetijskih zemljišč.