SIST ima sedemčlanski upravni odbor, ki ga sestavljajo: trije predstavniki ustanovitelja, dva predstavnika članov SIST, en predstavnik delavcev in predsednik SIST.
Predstavnike ustanovitelja imenuje Vlada Republike Slovenije. Mandat predstavnikov ustanovitelja je štiri leta od dneva imenovanja in so po izteku tega obdobja lahko vnovič imenovani.
Predstavnika članov SIST v upravni odbor imenuje skupščina izmed članov SIST za obdobje največ štirih let z možnostjo ponovne izvolitve. O predstavnikih članov SIST v upravnem odboru predstavniki ustanovitelja ne glasujejo.
Če članu SIST, ki je bil izvoljen v upravni odbor, preneha članstvo v SIST, mu s tem preneha tudi mandat v upravnem odboru.
Predstavnika delavcev SIST izvolijo delavci sekretariata SIST izmed zaposlenih z neposrednimi in tajnimi volitvami za obdobje največ štirih let z možnostjo ponovne izvolitve.