Dejavnosti inštituta v skladu z Uredbo o standardni klasifikaciji dejavnosti (Uradni list RS, št. 69/07 in 17/08) so:
Inštitut kot multidisciplinarni javni raziskovalni zavod, povezan z visokošolskimi organizacijami v okviru Programa dela Inštituta izvaja kot javno službo raziskovalne programe, ki predstavljajo zaokroženo področje raziskovalnega dela, za katerega je pričakovati, da bo v svetu aktualen še v naslednjem desetletju in je hkrati za Slovenijo tako pomembno, da obstaja državni interes, da se na tem področju dolgoročno raziskuje. Inštitut opravlja temeljno in aplikativno raziskovanje ter skrbi za razvoj in delovanje infrastrukture v okviru Raziskovalne in inovacijske strategije Slovenije.
Inštitut se vključuje v mednarodno znanstveno raziskovalno dejavnost in se v ta namen povezuje s strokovnimi organizacijami po svetu.
Inštitut se vključuje v mednarodno znanstveno raziskovalno dejavnost in se v ta namen povezuje s sorodnimi organizacijami v svetu.
Inštitut bo zagotavljal vsestransko dostopnost ter uporabo znanja v družbi in gospodarstvu, prenos raziskovalnih dosežkov v prakso, popularizacijo znanosti, širjenje znanstvene kulture in obveščanje javnosti.
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi monitoring morja in somornic, monitoring naravnih značilnosti in pojavov morja ter monitoring ekološkega stanja celinskih voda v skladu s predpisi na področju varstva okolja (v nadaljnjem besedilu: monitoring).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi naloge monitoringa, analiziranja in testiranja odvzetih vzorcev ter razvoja analitičnih in testnih metod, in deluje kot referenčni preskusni laboratorij na področju gensko spremenjenih organizmov v skladu s predpisi na področju ravnanja z gensko spremenjenimi organizmi (v nadaljnjem besedilu: monitoring GSO).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti izvaja tudi nekatere razvojne in strokovne naloge s področja upravljanja celinskih voda in morja, zlasti razvoj strokovnih osnov za spremljanje stanja ter varstva vodnega okolja in spremljanje procesov v vodnem okolju (v nadaljnjem besedilu: razvojne in strokovne naloge).
Inštitut v okviru svoje dejavnosti daje poseben poudarek znanstvenim osnovam za varstvo okolja in spremljanje procesov v njem ter razvoju novih in čistih tehnologij.