Inštitut pridobiva sredstva na podlagi Programa dela Inštituta, h kateremu je dala soglasje Vlada Republike Slovenije. Program je pripravljen za obdobje petih let in vsebuje:
Program dela Inštituta pripravi direktor na predlog vodij programskih skupin. Upravni odbor Inštituta po predhodnem mnenju znanstvenega sveta sprejme Program dela Inštituta.
Inštitut pridobiva sredstva za opravljanje nalog monitoringa v obsegu izvajanja monitoringa v skladu z letnim programom.
Inštitut pridobiva sredstva za opravljanje nalog monitoringa GSO v obsegu izvajanja monitoringa GSO v skladu z letnim programom.
Inštitut pridobiva sredstva za izvajanje razvojnih in strokovnih nalog v skladu z letnim programom.