Davčni organ preveri predloženi pisni zahtevek za vračilo prometnega davka in priloženo dokumentacijo.
Upravičenost do vračila prometnega davka dokazuje davčni zavezanec z medletnimi kumulativnimi obračuni prometnega davka oziroma z dokončnim obračunom prometnega davka. Če gre za taka vračila, pooblaščeni delavec davčnega organa samo označi na obrazcu Obračun prometnega davka, da je bilo vračilo davka odobreno.
Kupec oziroma naročnik storitve, ki zahteva vračilo prometnega davka, predloži prodajalcu oziroma izvajalcu storitve (davčnemu zavezancu) svojo pisno zahtevo skupaj z računom, ki je njena podlaga. Davčni zavezanec je dolžan pisno zahtevo skupaj s svojo dokumentacijo poslati davčnemu organu v nadaljnjo obravnavo najkasneje v 8 dneh po prejemu. Davčni zavezanec lahko kupcu sam povrne plačani prometni davek in vračilo poračuna ob rednih akontacijah prometnega davka, le če je promet, za katerega se vrača prometni davek, nastal v istem obračunskem obdobju, za katero se zmanjšujejo redne akontacije.
Kadar davčni, zavezanec predloži zahtevo za vračilo prometnega davka po 66. členu zakona, mora davčni organ o zahtevi odločiti z odločbo.
Kupcu oziroma naročniku storitve pa tudi davčnemu zavezancu vrne prometni davek davčni organ, pri katerem je bil davek plačan. Pravni osebi in zasebniku se davek vrne na njuna žiro računa, fizični osebi pa v gotovini, in sicer v 30 dneh od dneva, ko je davčni organ prejel zahtevek z urejeno dokumentacijo.