Hkrati s predložitvijo obračuna prometnega davka pristojnemu davčnemu organu plača zavezanec davek po obračunu.
Če zavezanec vplača manj davka, kot bi ga moral po obračunu, predloži davčnemu organu naloge za vplačilo premalo plačanega davka oziroma dokazilo o plačilu razlike. Če ga plača več, kot bi ga moral po obračunu, lahko predloži pisno zahtevo za vračilo davka ali pisno obvestilo pristojnemu davčnemu organu, da bo za preveč plačani davek zmanjšal naslednje akontacije prometnega davka.