Zavod opravlja naslednje veterinarske dejavnosti:
1.
spremljanje in proučevanje epizootiološkega stanja, zdravstvenega stanja živali, fiziologije in patologije, reprodukcije ter oplojevanja živali, ekologije, higiene ter zdravstvene ustreznosti surovin in živil, živalskega semena, jajčnih celic in zarodkov ter vode za napajanje živali in krme ter vodenje registra živali in objektov;
2.
sodelovanje pri organizaciji in vodenju preprečevanja, zatiranja in izkoreninjenja živalskih kužnih in parazitarnih bolezni ter sodelovanje pri delu komisije za ocenjevanje, odbiro in priznavanje plemenjakov, plemenskih ribjih jat in plemenišč čebeljih matic;
3.
priprava strokovnih podlag za načrtovanje in za sprejemanje ukrepov v zdravstvenem varstvu živali ter posredno reševanje vprašanj varstva zdravja prebivalstva, živinorejske proizvodnje in tehnologije, svetovanje, spremljanje zdravstvenega stanja ter zdravljenje čebel in rib;
4.
veterinarsko – sanitarni pregledi živali, surovin in živil živalskega izvora (v nadaljnjem besedilu: živil), ki so namenjena za javno potrošnjo, živalskega semena, jajčnih celic in zarodkov, krme, vode za napajanje živali in odpadkov v proizvodnji in prometu, za zagotavljanje higienske neoporečnosti, veterinarsko – sanitarne preglede uvoznih in izvoznih pošiljk, izdajanje potrdil o zdravstvenem stanju pošiljke in dovoljenja za promet z mlekom in mlečnimi izdelki;
5.
patomorfološka diagnostika, veterinarsko higienska služba in dezinfekcija, dezinsekcija in deratizacija za preventivo in v primeru pojavov kužne bolezni;
6.
laboratorijske preiskave materiala živali, živil in surovin, živalskega semena, jajčnih celic in zarodkov, vode za napajanje živali, zraka, zemlje, krme in dodatkov, odpadkov in odplak zaradi diagnostike živalskih kužnih in parazitarnih bolezni oziroma zagotavljanja higienske in zdravstvene ustreznosti;
7.
zagotavljanje priprav za obrambo in zaščito ter delovanje veterinarske službe v vojni ali ob naravnih in drugih nesrečah ter v izrednem stanju; usposabljanje enot za prvo veterinarsko pomoč civilne zaščite;
8.
organiziranje in vodenje veterinarskega razsvetljevanja imetnikov živali in prebivalstva, strokovno izobraževalno in publicistično delo na področju veterinarske dejavnosti, organiziranje tečajev za osnovno znanje o živalskih kužnih boleznih.
Po predhodnem soglasju ustanovitelja lahko zavod opravlja tudi druge dejavnosti.
Delavci zavoda, ki opravljajo veterinarsko sanitarne preglede izvoznih in uvoznih pošiljk, morajo imeti za opravljanje svojega dela pisno pooblastilo predstojnika Veterinarske uprave Republike Slovenije (v nadaljnjem besedilu: VURS). VURS za navedene delavce zagotovi ustrezno izobraževanje.
Če opravljanje primarne ali terciarne veterinarske javne službe ni zagotovljeno v skladu z zakonom, lahko minister za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano odloči, da mora zavod opravljati tudi te dejavnosti, za kar mu mora zagotoviti tudi ustrezno financiranje.