Zdravniške komisije I. in II. stopnje so izvedenski organi Zavoda.
Predsednike in člane zdravniških komisij 1. in II. stopnje imenuje upravni odbor na predlog generalnega direktorja.
Zdravniške komisije I. stopnje imajo sedež na območnih enotah Zavoda in delujejo v senatih treh zdravnikov.
Zdravniška komisija II. stopnje ima sedež na sedežu Zavoda in deluje v senatih treh zdravnikov. Senati delujejo tudi zunaj sedeža Zavoda.
Natančnejšo organizacijo in način delovanja zdravniških komisij I. in II. stopnje, določa pravilnik.