Varovani elementi spomenika so:
-
baročna stavba v celoti (arhitekt Andrea Pozzo s sodelavci) z zvonikoma,
-
kupola (stavbenik Matej Medved),
-
vzidane kamnite spolije na pročeljih,
-
vse stenske poslikave Giulia Quaglia in njegovih sodelavcev ter Matevža Langusa v notranjosti cerkve,
-
oltarna oprema s slikami in kipi,
-
slika sv. Nikolaja (slikar Pietro Liberi),
-
korne klopi,
-
namensko izdelano pohištvo v cerkvi,
-
oltar sv. Rešnjega telesa (kipar Francesco Robba),
-
kipi emonskih škofov (kipar Angelo Putti),
-
poprsje Gregorja Dolničarja (kipar Jacopo Contieri),
-
kapela sv. Križa (arhitekt Jože Plečnik),
-
škofova katedra in krstilnik v koru (arhitekt Jože Plečnik),
-
Križev pot (kipar France Gorše),
-
bronasta glavna vrata (kipar Tone Demšar),
-
bronasta stranska vrata (kipar Mirsad Begić).