Sklad ima strokovno-programske komisije kot strokovna posvetovalna telesa direktorja, ki izvajajo predvsem naslednje naloge:
Direktor ima pravico in dolžnost sodelovati pri delu komisij. Strokovne službe sklada so dolžne zagotoviti administrativno-tehnično podporo za njihovo delo.
Strokovno-programske komisije imajo pravico biti obveščene glede vprašanj, o katerih so dale svoje mnenje.
Način dela in odločanja komisij določajo poslovniki komisij.