Programska sredstva iz državnega proračuna pristojnih ministrstev prejme sklad za opravljanje programskih nalog, določenih v 6. in 7. členu tega akta. Sredstva se skladu dodeljujejo na podlagi pogodbe med ministrstvom in skladom.
Programska sredstva, ki jih dobi javni sklad kot posrednik za izplačilo sredstev končnim upravičencem sredstev, se pri izplačilu iz državnega proračuna evidentirajo kot končna poraba sredstev, zato se ne smejo evidentirati kot prihodek in odhodek tudi pri javnem skladu. Za posredovanje denarnih sredstev končnim upravičencem se v poslovnih knjigah javnega sklada vzpostavijo evidence na kontih stanja.