Nacionalni koordinator je lahko oseba, ki izpolnjuje pogoje za vodjo raziskovalnega projekta iz 29. člena zakona o raziskovalni in razvojni dejavnosti (Uradni list RS, št. 96/02) in 18.a člena pravilnika o pogojih in metodologiji izbora in financiranja projektov temeljnega in aplikativnega raziskovanja (Uradni list RS, št. 21/01 in 38/02).
Nacionalnega koordinatorja imenuje minister na podlagi kriterijev za določeno raziskovalno področje izmed kandidatov, ki jih predlagajo vodje programskih skupin in vodje potekajočih raziskovalnih projektov. Vsak vodja programske skupine oziroma vodja raziskovalnega projekta lahko predlaga v svojem področju po enega kandidata.
Kriteriji iz prejšnjega odstavka, ki so podlaga za imenovanje nacionalnega koordinatorja, so:
Funkcija nacionalnega koordinatorja ni združljiva s funkcijami predsednika oziroma namestnika predsednika Nacionalnega znanstveno-raziskovalnega sveta in predsednika oziroma namestnika predsednika Znanstveno-raziskovalnega sveta.
Za nacionalnega koordinatorja in namestnika ne more biti imenovan rektor univerze, dekan fakultete oziroma visoke strokovne šole ali direktor raziskovalne organizacije.
Nacionalni koordinator se imenuje za tri leta in je lahko največ dvakrat zaporedoma imenovan na isto funkcijo.
V primeru odsotnosti nacionalnega koordinatorja ga po pisnem pooblastilu nacionalnega koordinatorja nadomešča eden od članov personalnega jedra.