Določbe te uredbe se prav tako uporabljajo za “negativne izdatke” (prelevmani, zapadla jamstva, povrnjena plačila), ki jih mora agencija zbrati v imenu Oddelka za jamstva Evropskega kmetijskega, usmerjevalnega in jamstvenega sklada (v nadaljevanju: EKUJS). Agencija vzpostavi sistem za evidentiranje vseh vsot plačljivih EKUJS in za evidentiranje v knjigo dolžnikov vseh dolgov pred njihovim prejemom. Knjigo dolžnikov se mora redno pregledovati z namenom, da se izterjajo zapadle obveznosti.
Agencija lahko prenese odgovornosti za izterjavo negativnih izdatkov drugim institucijam v skladu z 10. členom te uredbe. Le-ta pa mora vsaj enkrat na mesec poročati agenciji o vseh priznanih prihodkih in prejetih vsotah denarja.