Po prejemu popolne prijave se opravi presoja.
Presojo iz prejšnjega odstavka opravi komisija za presojo, ki jo imenuje minister, pristojen za zdravje, in jo sestavljajo neodvisni strokovnjaki s področja medicine, biotehnologije, agronomije, toksikologije, mikrobiologije, veterine, prehrane in živilske tehnologije, po potrebi pa tudi strokovnjaki z drugih področij.
Komisija za presojo mora v 90 dneh od prejema popolne prijave posredovati uradu poročilo o presoji. Poročilo mora vsebovati predlog za dajanje novega živila v promet oziroma predlog, da novo živilo ni primerno za dajanje v promet. Če poročilo ni izdelano v predpisanem roku, se šteje, da novo živilo ni primerno za dajanje v promet.
V primeru suma, ki ga utemeljujejo najnovejša znanstvena spoznanja o tem, da je novo živilo bolj nevarno za zdravje ljudi, kot to izhaja iz prijavne dokumentacije, komisija za presojo lahko zahteva od prijavitelja dodatno dokumentacijo oziroma dodatne podatke, pri čemer roki začnejo teči ponovno, ko je dokumentacija popolna.
Urad na podlagi poročila komisije za presojo in na podlagi soglasja ministrstva, pristojnega za kmetijstvo, prehrano in veterinarstvo in ministrstva, pristojnega za okolje, prostor in energijo v primerih iz točke a) 2. člena tega pravilnika, izda dovoljenje za dajanje v promet novega živila oziroma zavrne izdajo dovoljenja.