Direktor OE organizira in vodi poslovanje OE in je neposredno odgovoren za zakonitost poslovanja, strokovnost dela in v okviru svojih pooblastil za poslovni uspeh enote.
Direktor OE mora imeti univerzitetno izobrazbo medicinske smeri in najmanj 5 let delovnih izkušenj v zdravstvu. Kandidat za direktorja OE mora k svoji prijavi predložiti program razvoja OE za mandatno obdobje.
Direktorja OE na podlagi internega razpisa imenuje in razrešuje direktor zavoda v soglasju z ustanoviteljico, kjer je sedež organizacijske enote. Interni razpisni postopek izvede direktor zavoda.
Mandat direktorja OE traja pet (5) let in je po poteku te dobe lahko ponovno imenovan.
Direktor zavoda lahko začasno imenuje tudi v. direktorja OE, za dobo največ 12 mesecev.