Vloga sindikata v OZG se zagotavlja skladno z določili zakona, kolektivne pogodbe in pogodbe, ki jo OZG oziroma OE sklene s sindikatom. Sindikat je organiziran ločeno v vsaki OE, na nivoju OZG pa je v okviru istega sindikata lahko organizirana koordinacija, ki jo vodi izvoljeni predsednik.
Sindikat, ki za svoje delovanje izpolnjuje vse pogoje v skladu z zakonom in ima status reprezentativnega sindikata, kot to določa zakon, praviloma sklene pogodbo. Glede na organizacijo sindikata se pogodba sklene na ravni OE med predsednikom sindikata in direktorjem OE, direktor zavoda pa lahko sklene ustrezno pogodbo s predsednikom koordinacije.