OZG opravlja svojo dejavnost v naslednjih organizacijskih enotah:
a)
OE Zdravstveni dom Bled, Zdravstveni dom Bohinj, s sedežem na Bledu,
b)
OE Zdravstveni dom Jesenice z dislociranima enotama Zdravstvena postaja Kranjska Gora z ambulanto v Mojstrani in Zdravstvena postaja Žirovnica,
c)
OE Zdravstveni dom Kranj z dislociranimi enotami Zdravstvena postaja Stražišče, Zdravstvena postaja Cerklje, Zdravstvena postaja Šenčur, Zdravstvena postaja Preddvor, Zdravstvena postaja Jezersko in Zdravstvena postaja Naklo,
d)
OE Zdravstveni dom Radovljica z dislocirano enoto Zdravstvena postaja Kropa,
e)
OE Zdravstveni dom Škofja Loka z dislociranimi ambulantami v Gorenji vasi, Žireh in Železnikih,
f)
OE Zdravstveni dom Tržič,
g)
OE Uprava.
Podrobnejšo organizacijsko strukturo določi direktor zavoda z organigramom.