Če republiška volilna komisija na podlagi ugovora ugotovi nepravilnosti, ki so vplivale ali bi utegnile vplivati na izid referenduma, referendum razveljavi v celoti ali na posameznem volišču. Hkrati določi rok za ponovno glasovanje, ki ne more biti daljši od 7 dni od njene odločitve.
Če republiška volilna komisija ugovor zavrne, lahko glasovalec vloži pritožbo na sodišče, pristojno za upravne spore, v 48 urah po prejemu odločbe. Sodišče odloči o pritožbi v roku 48 ur.
Sodišče odloča ob smiselni uporabi zakona o upravnih sporih.
Če sodišče ugotovi, da so bile na referendumu zagrešene take nepravilnosti, ki so vplivale ali bi utegnile vplivati na izid, razveljavi referendum v celoti ali na posameznem volišču.