Direktorja imenuje rektor za dobo štirih let na predlog znanstvenega sveta članice izmed znanstvenih delavcev članice, ki izpolnjujejo pogoje za izvolitev v senat univerze, v 15 dneh po prejetem sklepu o izvolitvi v znanstvenem svetu članice.
Rektor lahko imenovanje direktorja zadrži. V tem primeru predlog z obrazložitvijo v 15 dneh po prejetem sklepu o izvolitvi v znanstvenem svetu članice vrne znanstvenemu svetu članice v ponovno obravnavo in odločanje. V primeru, da znanstveni svet članice ponovno predlaga istega kandidata, ga rektor v 15 dneh imenuje za direktorja.
Direktor je lahko ponovno imenovan.
Direktor je lahko predčasno razrešen:
Rektor lahko razreši direktorja pred potekom njegovega mandata tudi na predlog znanstvenega sveta članice, izglasovanega z dvotretjinsko večino vseh članov znanstvenega sveta članice.
V primerih predčasne razrešitve direktorja imenuje rektor izmed znanstvenih delavcev članice, ki izpolnjujejo pogoje za izvolitev v senat univerze, na predlog znanstvenega sveta članice osebo, ki izvaja in opravlja naloge in pristojnosti direktorja članice in izvede postopek volitev novega direktorja, vendar najdlje za obdobje šestih mesecev.