Nacionalni svet deluje na sejah. Nacionalni svet veljavno odloča, če se seje udeleži več kot polovica članov. Nacionalni svet odloča z večino glasov vseh članov.
Za posamezna področja svojega delovanja lahko nacionalni svet oblikuje komisije, ekspertne skupine in druga delovna telesa.
Seje sklicuje in vodi praviloma predsednik nacionalnega sveta. V njegovi odsotnosti opravlja njegove naloge in vodi seje namestnik predsednika, ki ga izmed sebe izvolijo člani.
Predsednik mora sklicati sejo nacionalnega sveta na zahtevo najmanj tretjine članov ali na zahtevo Vlade Republike Slovenije oziroma enega od ministrstev iz 58. člena zakona.
Podrobnejša organizacija in način delovanja nacionalnega sveta se uredita s poslovnikom, ki ga sprejme nacionalni svet.
Delo nacionalnega sveta je javno.