Zamenjavo vrednostnih papirjev z nematerializiranimi vrednostnimi papirji se opravi tako, da se že izdani vrednostni papirji izročijo Klirinško depotni družbi, le-ta pa vknjiži pravice iz vrednostnih papirjev v dobro imetnikov, ki so izročili vrednostne papirje Klirinško depotni družbi, oziroma za račun katerih so bili vrednostni papirji izročeni Klirinško depotni družbi.
Podrobnejši postopek zamenjave določi Klirinško depotna družba v pravilih poslovanja.