Strokovne skupine ocenijo predloge programov ali projektov najkasneje v mesecu dni od zaključka odpiranja vlog.
Strokovne skupine si same določijo način svojega dela. Za presoje posameznih predlogov programov ali projektov lahko, na zahtevo strokovne skupine, minister odobri sodelovanje dodatnih strokovnjakov. Strokovna skupina lahko od vlagateljev zahteva dodatna pojasnila, ki so potrebna za vsebinsko presojo.
Po opravljenem delu strokovna skupina preko pristojnega uslužbenca predloži ministru pisno poročilo o svojem delu s predlogom izbora programov. Finančna vrednost predloga izbora ne sme preseči 90 odstotkov razpoložljivih proračunskih sredstev, predvidenih za posamezno razpisno področje oziroma podpodročje.
Poročilo iz prejšnjega odstavka mora vsebovati kratko obrazložitev vsebinskih razlogov za predlagano odobritev ali zavrnitev posameznega programa.
Na enak način strokovne skupine in pristojni uslužbenci ravnajo pri projektnih in ciljnih razpisih, le da pri svojih predlogih – predvsem v primeru celoletnega odprtega projektnega razpisa – upoštevajo drugačno vrsto razpisa in svoje predloge predložijo ministru v delnih poročilih.