1) Glavna pisarna CEEPUS ima sedež na Dunaju. Glavna pisarna CEEPUS ima pravno sposobnost za opravljanje svojih nalog.
2) Glavno pisarno CEEPUS vodi generalni sekretar. Generalnega sekretarja za sedem let na predlog Republike Avstrije izvoli skupni odbor z dvotretjinsko večino glasov. Generalni sekretar je pred koncem svojega mandata lahko zamenjan s soglasno odločitvijo skupnega odbora.
3) Republika Avstrija financira infrastrukturo, potrebno za opravljanje nalog glavne pisarne CEEPUS, ter plače generalnega sekretarja in osebja urada.
4) Stroške predstavnikov pogodbenic ali osebja, ki je napoteno v glavno pisarno CEEPUS, krije posamezna pogodbenica.
5) Pogodbenice se spodbujajo k prostovoljnemu financiranju dejavnosti glavne pisarne CEEPUS za boljše sodelovanje.
6) Glavna pisarna CEEPUS je odgovorna za usklajevanje in evalvacijo, pogodbenice pa obdržijo izključno pristojnost za svoj proračun za sodelovanje in nadzor nad njim.
7) Glavna pisarna CEEPUS predvsem:
a.
skupni odbor na njegovem naslednjem sestanku obvesti o odločitvah glede nujnih tehničnih in upravnih zadev, ki jih je generalni sekretar sprejel v času med sestankoma skupnega odbora;
b.
pripravi letno poročilo o napredku in celostno ovrednoti izvajanje tega sporazuma;
c.
predlaga nadaljnji razvoj sodelovanja;
d.
pripravlja in organizira sestanke skupnega odbora in delovnih skupin ter sestavi zapisnike sestankov;
e.
podpira izvajanje odločitev, ki jih sprejme skupni odbor;
f.
razvija skupno strategijo za odnose z javnostmi glede sodelovanja in pogodbenicam svetuje o politikah informiranja;
g.
objavlja informacije o sodelovanju med sodelujočimi univerzami pogodbenic.