Zavod posluje preko računa zavoda za obvezno zdravstveno zavarovanje in računa zavoda za OZDO. Zavod ima tudi druge podračune za prispevke obveznega zdravstvenega zavarovanja in prispevke OZDO v skladu z zakonom.
Generalni direktor zavoda ali delavec, ki ga generalni direktor zavoda za to pooblasti, po načelu dobrega in skrbnega gospodarja in v skladu s predpisi, upravlja s prostimi denarnimi sredstvi na računu zavoda za obvezno zdravstveno zavarovanje in na računu za OZDO.«.