Zavod plača pšenico in rž, odkupljeno v intervencijskem odkupu po zaščitni ceni, najpozneje 60 dni po prevzemu pšenice na odkupnem mestu. Plačilo izvede na podlagi računa prodajalca, kateremu mora biti priložen analizni izvid o kakovosti skupaj z obračunskim listom.
Sredstva za pokritje stroškov intervencijskega odkupa, za dodatek na kakovost pšenice in rži ter za pokritje negativnih razlik, nastalih pri prodaji v intervencijskem odkupu odkupljene pšenice in rži, zagotovi Ministrstvo za ekonomske odnose in razvoj v breme proračunske postavke št. 1442 - regresiranje cen določenih proizvodov, konto 4102 - Subvencije privatnim podjetjem in zasebnikom.