Pristojni organ razveljavi dovoljenje za tranzit pred iztekom roka in o tem obvesti carinski organ Republike Slovenije, če je obveščen o razveljavitvi dovoljenja za uvoz države uvoznice.
Če pristojni organ prejme obvestilo države uvoznice, da je bil uvoz nevarnih odpadkov zavrnjen in države izvoznice, da bo te odpadke sprejela, za tranzit odpadkov ni treba pridobiti dovoljenja za tranzit, tranzit pa je možen le, če carinski organi in inšpektorji za varstvo okolja ob pregledu listin in blaga ugotovijo, da se v tranzitu prevaža ista vrsta in količina nevarnih odpadkov, za katere je bilo izdano dovoljenje za tranzit in o tem obvestijo pristojni organ.
Dovoljenje za tranzit je treba ob vstopu na carinsko območje Republike Slovenije predložiti carinskemu organu.