Sredstva in obveznosti do virov ter prihodke in odhodke izkazuje agencija v svojih poslovnih knjigah v skladu s predpisi.
Organizacija in način vodenja poslovnih knjig se ureja s splošnim aktom agencije.
Računovodske izkaze agencije revidira pooblaščeni revizor, ki ga imenuje svet agencije na podlagi javnega razpisa.