Vodenje in poveljevanje v Teritorialni obrambi Republike Slovenije poleg Predsedstva Republike Slovenije uresničujejo poveljnik Teritorialne obrambe Republike Slovenije, poveljniki teritorialne obrambe pokrajin, območij, poveljniki enot ter upravniki zavodov v skladu z zakonom in drugimi predpisi.
Poveljevanje v Teritorialni obrambi Republike Slovenije temelji na načelih enotnosti poveljevanja, enostarešinstva in obveznega izvrševanja odločitev ter ukazov predpostavljenih starešin.
V neposredni vojni nevarnosti in v vojni vodi in poveljuje teritorialni obrambi, kot delu skupnih oboroženih sil, Predsedstvo SFRJ.
Odnose in razmerja v Teritorialni obrambi Republike Slovenije poleg tega zakona urejajo tudi predpisi o službi v oboroženih silah.