SOU ZSD vodi vodja, imenovan v skladu z Zakonom o javnih uslužbencih.
Vodja SOU ZSD ima status uradnika na položaju. Pogoji za zasedbo delovnega mesta, delovne naloge in odgovornosti vodje SOU ZSD se opredelijo v dogovoru o medsebojnih razmerjih (v nadaljevanju: dogovor) in aktu o sistemizaciji delovnih mest.
SOU ZSD vodi vodja, ki ga imenuje in razrešuje župan sedežne občine ustanoviteljice, s soglasjem županov občin ustanoviteljic.
Vodja posamezne organizacijske enote ima status javnega uslužbenca. Pogoji za zasedbo delovnega mesta, delovne naloge in odgovornosti vodje organizacijske enote SOU ZSD se opredelijo v aktu o sistemizaciji delovnih mest.
Občine ustanoviteljice morajo za zaposlene, ki delovne naloge opravljajo oziroma bodo opravljali na sedežu njihove občine, podati pisno soglasje in odločitev za zaposlitev oziroma premestitev.